La configuration de PHP est initialement définie par des valeurs de paramètre pré-déterminés (en interne) mais en pratique, la plupart de ces paramètres sont redéfinis dans un fichier php.ini. Un certain nombre des paramètres (mais pas tous) de PHP peuvent encore être modifiés au sein même des scripts par des appels à des fonctions génériques (i.e. équivalente à la configuration php.ini) ou par des fonctions spécifiques (dédiées à la gestion des erreurs par exemple).

Les fonctionnalités de PHP (accès à certains types de base de données, manipulation d'images, etc.) peuvent quant à elles être modifiées par l'ajout/suppression de modules.